Nền y học cổ truyền Việt Nam có nhiều nguồn gốc, bao gồm:

1. Y học dân gian: Đây là hình thức y học truyền thống được truyền lại qua thời gian từ thế hệ này sang thế hệ khác trong cộng đồng. Y học dân gian thường sử dụng các nguyên liệu tự nhiên như thảo dược, cây thuốc và các biện pháp trị liệu truyền thống như mát-xa, xoa bóp, cạo gió, đun nước thuốc và rượu thuốc.
2. Y học Đông y: Y học Đông y đã có sự ảnh hưởng lớn đến y học cổ truyền Việt Nam qua quá trình truyền bá và tương tác văn hóa với Trung Quốc. Các nguyên lý và phương pháp Đông y như cân bằng năm yếu tố (ngũ hành), sử dụng thảo dược, châm cứu và các phương pháp khác đã được tích hợp vào y học cổ truyền Việt Nam.